مرسدس بنز EQE سدان به طیف وسیعی از پیشرفته‌ترین سیستم‌های ایمنی فعال و غیرفعال مجهز شده است. سیستم پایش سطح هشیاری راننده، هشدار انحراف از خطوط، مجموعه سیستم‌های محافظت از عابرین پیاده هنگام تصادف PRESAFE، مجموعه سیستم‌های کنترل پایداری ایمنی، هشدار برخورد از روبرو، سیستم حفاظت حرکت بین خطوط، هشدار پایش نقاط کور، کروز کنترل تطبیقی و رادار خطی از جمله فناوری‌های ایمنی سدان EQE هستند.
همچنین سیستم پارک خودکار، انتخاب حالات رانندگی، ترمز پارک برقی و اتوهلد، هشدار ترافیک عبوری پشت خودرو، دوربین ثبت وقایع، دوربین 360 درجه به همراه قابلیت پارک هوشمند، ایمنی و امنیت این خودرو را بسیار ارتقا داده‌اند.

کنترل هوشمند حرکت بین خطوط (Active Lane Keeping Assist) با اصلاح فرمان به صورت خودکار و کنترل هوشمند سرعت مجاز (Intelligent Speed Assist) با تشخیص تابلوها، ایمنی را افزایش می‌دهند. 

رادار هشدار نقاط کور (Active Blind Spot Assist) و سیستم هشدار خروج امن (Exit Warning) با تشخیص وسایل نقلیه از پهلو، از بروز تصادفات جلوگیری می‌کنند. ایربگ زانوی راننده و سیستم تولید صدای مجازی (AVAS) برای هشدار به عابران، از دیگر ویژگی‌های ایمنی این خودرو هستند.

EQE از درب الکتریکی پورت شارژر با قفل ایمنی کودک و سنسورهای پارک ۳۶۰ درجه با نمایش تمام‌جهته روی صفحه‌نمایش مرکزی بهره می‌برد. اسکنر اثر انگشت برای احراز هویت راننده و دوربین نظارت بر هوشیاری که علائم خستگی را تشخیص می‌دهد، سطح امنیتی جدیدی ارائه می‌دهند. 

سیستم PRESAFE شامل عملکردهای پیشگیرانه‌ای مانند بستن خودکار پنجره‌ها و سفت‌کردن کمربندها قبل از بروز تصادف است. هدآپ دیسپلی با وضوح بالا (AR-HUD) اطلاعات حیاتی را روی شیشه جلو نمایش می‌دهد و شارژر وایرلس در کنسول مرکزی، دسترسی ایمن به تلفن همراه را ممکن می‌سازد. این مجموعه جامع، EQE را به یکی از ایمن‌ترین خودروهای الکتریکی بازار تبدیل کرده است.